Das Wissenschaftssystem des Landes Schleswig-Holstein besteht aus neun staatlichen und drei staatlich anerkannten Hochschulen, dem Universitätsklinikum Schleswig-Holstein sowie einer Vielzahl außeruniversitärer Forschungseinrichtungen. Zudem existiert eine Fachhochschule für Verwaltung und Dienstleistung.
Das Land baut den Wissenschaftsstandort seit vielen Jahren gezielt aus und setzt dabei strukturelle und fachliche Schwerpunkte. Für die kontinuierliche Entwicklung von Wissenschaft und Forschung hat das Land die Profilierung und Differenzierung seiner Hochschulen sowie den Aufbau neuer und den Ausbau bestehender Forschungseinrichtungen unterstützt und dabei seine Ausgaben für Forschung und Entwicklung kontinuierlich gesteigert. So wurden etwa die Globalzuweisungen an die Hochschulen seit 2012 um rund 40 % erhöht.
Ebenfalls ist eine Steigerung mit Blick auf die Anzahl der Studierenden zu verzeichnen. Im Vergleich zum Jahr 2012 stieg die Zahl der Studierenden an den neun staatlichen Hochschulen bis 2023 um rund 9 % an. Die Hochschulen im Land forschen u. a. zu folgenden Schwerpunktthemen: Erneuerbare Energien/Energiewende, Lebenswissenschaften, Medizintechnik, Meereswissenschaften, Digitalisierung und Künstliche Intelligenz sowie Kultur- und Kreativwirtschaft. Darüber hinaus existieren weitere hochschulindividuelle Schwerpunkte und exzellente Individualforschung.
Im Bereich der außeruniversitären Forschung ist die Helmholtz-Gemeinschaft in Schleswig-Holstein mit dem Helmholtz-Zentrum Hereon, dem GEOMAR Helmholtz-Zentrum für Ozeanforschung und den Außenstellen des Alfred-Wegener-Instituts auf den Inseln Helgoland und Sylt sowie dem Institut für Maritime Energiesysteme des Deutschen Zentrums für Luft- und Raumfahrt (DLR) vertreten.
Die Max-Planck-Gesellschaft ist in Schleswig-Holstein mit dem Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie in Plön ansässig.
Der Leibniz-Gemeinschaft gehören das Forschungszentrum Borstel – Leibniz Lungenzentrum, das Kiel Institut für Weltwirtschaft, das Leibniz-Informationszentrum Wirtschaft mit Sitz in Kiel und Hamburg, das Leibniz-Institut für die Pädagogik der Naturwissenschaften und Mathematik und – seit 2024 – der Standort Schleswig des Leibniz-Zentrums für Archäologie (LEIZA)/Zentrum für Baltische und Skandinavische Archäologie (ZBSA) an.
Zur Fraunhofer-Gesellschaft zählen das Institut für Siliziumtechnologie (ISIT) in Itzehoe, die Einrichtung für Individualisierte und Zellbasierte Medizintechnik (IMTE) in Lübeck und das Institut für Digitale Medizin (MEVIS), Außenstelle Lübeck.
Das Deutsche Forschungszentrum für Künstliche Intelligenz (DFKI), Außenstelle Lübeck, die Röntgen-Laser-Anlage European XFEL und auch das auf dem Forschungscampus Bahrenfeld in Hamburg errichtete Infektionsforschungszentrum Centre for Structural Systems Biology (CSSB), an dem sich Schleswig-Holstein beteiligt, runden das Bild herausragender Spitzenforschungseinrichtungen in Schleswig-Holstein ab.
Schleswig-Holstein hat im Jahr 2021 den Wissenschaftsrat um eine Begutachtung seines Hochschulsystems sowie der Universitätsmedizin des Landes gebeten. Die Bitte war insbesondere damit verbunden, die Potenziale der Hochschulen mit ihren Leistungsdimensionen Lehre, Forschung, Transfer und Infrastruktur zu bewerten und geeignete Maßnahmen zur Entwicklung des Landes in wirtschaftlicher, sozialer und kultureller Hinsicht zu skizzieren. Ein besonderes Augenmerk sollte auf den Schwerpunktthemen Erneuerbare Energien/Energiewende, Lebenswissenschaften, Medizintechnik, Meereswissenschaften, Digitalisierung und Künstliche Intelligenz sowie Kultur- und Kreativwirtschaft liegen. Die Empfehlungen des Wissenschaftsrats liegen seit Oktober 2023 vor und fügen sich als wesentliche Bausteine in die strategische Ausrichtung der Wissenschaftspolitik und die Entwicklung des Wissenschaftssystems ein.
Auf Basis der Empfehlungen haben das Land und die Hochschulen AGs eingerichtet, die für die Leistungsdimensionen und Schwerpunktthemen Handlungspläne erarbeitet haben, in denen die WR-Empfehlungen in Maßnahmen operationalisiert werden. Diese finden nun Eingang in die verschiedenen wissenschaftspolitischen Instrumente wie Zielvereinbarungen, das Hochschulgesetz etc.