Berlins Wissenschafts- und Forschungsinstitutionen sind weit über die Landesgrenzen hinaus vernetzt. Die Berlin University Alliance aus Freier Universität Berlin, der Humboldt-Universität zu Berlin, der Technischen Universität Berlin und der Charité – Universitätsmedizin Berlin (Charité) war mit ihrem gemeinsamen Verbundantrag im Exzellenzwettbewerb von Bund und Ländern 2019 erfolgreich. Durch enge Kooperation und Synergienutzung bilden die Partner einen integrierten Forschungsraum und wollen Berlin zu einem international führenden Wissenschaftsstandort weiterentwickeln. Darüber hinaus sind von der Freien Universität Berlin, der Humboldt-Universität zu Berlin, der Technischen Universität Berlin und der Charité fünf Exzellenzcluster eingeworben worden.
Die Einstein-Zentren des Landes Berlin arbeiten in interdisziplinären und kooperativen Projekten, die wissenschaftliche Schwerpunktthemen entwickeln und als Inkubator für Berliner Zukunftspotenziale wirken.
Darüber hinaus werden gemeinsam mit Brandenburg definierte Bereiche mit länderübergreifenden Managementstrukturen unterstützt. Diese treiben die Profilschärfung, die Vernetzung der Akteure und das Marketing kontinuierlich voran, initiieren und begleiten Forschungs-, Entwicklungs- und Innovationsprojekte zwischen Wirtschaft und Wissenschaft und sichern somit die strategische und operative Zusammenarbeit. Der Fokus liegt dabei auf Energietechnik, Gesundheitswirtschaft, Informations- und Kommunikationstechnologie, Medien- und Kreativwirtschaft, Verkehr, Mobilität und Logistik sowie Optik und Photonik.
Die Charité übernimmt seit 2020 die Koordinationsfunktion für das Netzwerk Universitätsmedizin (NUM). Das Netzwerk Universitätsmedizin (NUM) wurde 2020 als Ad-hoc-Projekt des Bundes zur Krisenreaktion auf die COVID-19-Pandemie ins Leben gerufen. Seit Mitte Juli 2025 wird das NUM in der dritten Förderperiode mit einer fünfjährigen Laufzeit vom Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt (BMFTR) gefördert.